Avdeling for medisinsk mikrobiologi
Brukerhåndbok
God mikrobiologisk diagnostikk avhenger av korrekt prøvetaking, forsendelse og adekvate kliniske opplysninger. Opplysninger om symptomer, sykdomsvarighet og gjennomgått eller igangsatt behandling eller vaksine vil kunne være av betydning for både prøvehåndtering og resultatvurdering. Informasjon om gjennomgått kirurgi, immunsuppresjon, reisevirksomhet (når og hvor), yrke og dyrehold kan være av betydning ved enkelte infeksjoner, og bidra til at laboratoriet etterbestiller supplerende analyser for å lete etter uvanlige patogener.
Bakteriologisk diagnostikk: Baseres primært på dyrkning, men i spesielle situasjoner og for vanskelig dyrkbare bakterier vil påvisning av genmateriale med polymerasekjedereaksjon (PCR) eller serologisk påvisning av antistoffer være aktuelt. Prøver til dyrkning fra hud, slimhinner og luftveier går primært til aerob dyrkning, mens prøver fra normalt sterile områder som kroppshuler, vev og dyptliggende abscesser går til både aerob og anaerob dyrkning. Blodkulturer fra voksne og større barn dyrkes i sett bestående av aerob og anaerob blodkulturflaske. For små barn benyttes vanligvis kun aerob såkalt pediatrisk flaske. Aerob dyrkning med resistensbestemmelse tar i gjennomsnitt to døgn og anaerob dyrkning med resistensbestemmelse oftest fire til fem døgn.
Virologisk diagnostikk: Baseres primært på påvisning av genmateriale ved PCR og/eller virusdyrkning. Serologisk påvisning av antistoffer spiller en sentral rolle i diagnostikken av flere virus (se nedenfor under Serologisk diagnostikk). Der agenspåvisning i blod er aktuelt, foretrekkes EDTA-fullblod (EBV og CMV) eller plasma (HCV, HBV og HIV). En PCR-undersøkelse tar i gjennomsnitt 3-4 timer. Noen kjøres daglig, andre settes opp sjeldnere (forventede svartider nærmere angitt i liste over alle avdelingens undersøkelser).
Soppdiagnostikk: Baseres primært på dyrkning. Ved spørsmål om alvorlige invasive soppinfeksjoner kan antigentester på serum og/eller spinalvæske tilbys. Disse utføres etter avtale med vakthavende mikrobiolog (tlf. 95979497). Dyrkning utføres på spesialmedier og tar lang tid (i gjennomsnitt 2-3 uker). Negativ dyrkning besvares etter fire uker. Mikroskopi utføres innen 1-2 døgn for hasteprøver.
Parasittologisk diagnostikk: For avføringsprøver baseres diagnostikken primært på påvisning av genmateriale med PCR (gjelder Giardia lamblia, Entamoeba histolytica og Cryptosporidium,spp). Mikroskopisk undersøkelse benyttes ved spørsmål om sjeldnere parasitter. Malaria-undersøkelse utføres på EDTA-blod og baseres både på mikroskopi og antigentest. Urin eller biopsier kan være aktuelle materialer for mikroskopisk undersøkelse i helt spesielle situasjoner, som f.eks. ved spørsmål om shistosomiasis eller leishmaniasis. Slike undersøkelser avtales direkte med laboratoriet. Mikroskopi er tidkrevende undersøkelser, og relevante kliniske opplysninger inklusive reiseanamnese er derfor en forutsetning for utførelse av undersøkelsen. Svartiden varierer med pågangen. Den er gjennomsnittlig på 5-7 dager.
Serologisk diagnostikk: Antistoffer kommer sent (etter 1-6 uker avhengig av agens) og serologi har derfor liten verdi i infeksjoners akuttfase. Serologisk diagnostikk er likevel den foretrukne diagnostiske metoden for flere infeksjonssykdommer. Eksempler er HIV, hepatitt A-, B- og C-virus og Epstein-Barr-virus. For sykdommene syfilis og borreliose vil serologi oftest være eneste tilgjengelige diagnostiske metode.
Ved mistanke om infeksjon med eksotiske, høypatogene virus (ebola-, rabies-, lassafeber-, MERS-virus o.l.) må det snarest tas kontakt med vakthavende mikrobiolog (tlf. 95979497) for veiledning.
Vårt laboratorium vil videreformidle prøver til referanselaboratorier ved forespørsel om sjeldne agens som vi ikke undersøker for. Vær nøye med å oppgi symptomer, tegn og reiseanamnese i slike tilfeller.
Bakteriologiske og mykologiske, serologiske, arvematerialbaserte og immunologiske antigentester:
Svarrapportering
Svarrapportering kjøres elektronisk 5 ganger pr. døgn. Skriftlig svarrapport kjøres 1 gang pr. døgn, ca kl. 18.00 hver ukedag.
Telefonsvar
Telefonsvar gis ut til rekvirenten, ikke til pasienter eller pårørende. Forventet svartid, generell informasjon
Alle prøver tas hånd om så fort som mulig etter ankomst til laboratoriet. Forventet svartid er angitt etter mottak av prøven. Ved helger og høytider vil svartiden forlenges noe. Enkelte analyser settes opp 1-2 ganger pr. uke. Forventet svartid er da beregnet ut fra når analysene settes opp. Eventuelle tilleggsanalyser kan forsinke svaret ytterligere.
Bakteriedyrkning tar tid (vanligvis 1-5 døgn). Resistensbestemmelse krever minimum ett døgn i tillegg.
Serologi og PCR settes opp med varierende intervaller avhengig av prøvetaking. Storvolumsanalyser settes opp daglig, mens analyser med lav etterspørsel settes opp en gang ukentlig.
Prøver til mikrobiologiske undersøkelser bringes laboratoriet snarest mulig. Prøvene kan oppbevares midlertidig i kjøleskap. Prøver utsådd på skåler i avdelingen, må straks settes i varmeskap. Ferdigtappede blodkulturer oppbevares i værelsestemperatur inntil de plasseres i blodkulturmaskinen. Ved ønske om analyse av prøver utenom bemannet åpningstid, må vakthavende mikrobiolog kontaktes av rekvirerende lege personlig. Kommersielt prøvetakingsutstyr/medier har påtrykt holdbarhetsdato og bør ikke brukes i noen vesentlig tid etter utgått dato.
Prøvetakingsutstyr bestilles fra Logistikk og forsyning.
NB: Prøver med antatt stort smittepotensiale (f. eks TB), skal sendes i transporthylse.
Opplysninger om eventuell gjennomgått øyekirurgi, antimikrobiell behandling og kontaktlinsebruk er ønskelig.