Omlegging av fæces-diagnostikk ved Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Fra primo januar 2016 har AMM innført endringer av fæces-diagnostikken til primært genteknologisk (PCR) påvisning av diare-fremkallende agens.

 

To hovedgrunner ligger til grunn for denne omlegging:

1. Internasjonal konsensus har vist at genteknologiske metoder vil kunne påvise langt flere aktuelle agens sammenlignet med konvensjonelle metoder. Slik omlegging gjøres i stor grad internasjonalt; også noen norske mikrobiologiske laboratorier har gjort slike endringer.  AMM har i løpet av 2015 utarbeidet det faglige grunnlaget for innføring av ny metodikk og validert metodene. Vi har i likhet med andre funnet en klar gevinst for å kunne detektere aktuelle agens hos flere pasienter. For enkelte agens påvist ved PCR vil det bli utført dyrkning, pga forpliktelse til å oversende isolater til Nasjonalt folkehelseinstitutt.

2. For majoriteten av fæcesprøvene vil svartiden bli kortere da resultater av PCR-analysene vil foreligge neste ordinære arbeidsdag etter mottaksdato.

For rekvirentene vil det være små praktiske konsekvenser. Tre scenarioer for rekvirering vil være aktuelle:
1. For utredning av diaretilstander («diarefremkallende agens») vil prøven bli undersøkt med PCR for et bredt panel av tarmpatogene bakterier, virus og parasitter1.       
2. Med hensyn til spesifikke problemstillinger knyttet til smittevern kan rekvireres kun Clostridium difficile eller  norovirus og prøven blir da kun undersøkt for dette.
3. I sjeldne tilfeller det kunne være behov for å rekvirere kontrollprøve / oppfølgingsprøve  av tidligere påvist agens, og det er da viktig at det rekvireres som kontrollprøve og angis hvilket agens som ønskes kontrollert (for å unngå at det brede PCR-panelet blir unødvendig brukt).

For prøvetaking: Alle fæcesprøver skal sendes på to prøverør: En Fecal swab (Copan) og ett transportrør m/skje uten tilsetning (samme typer som benyttet hittil).

1  Analyserte og rapporterte PCR-svar vil inntil videre være:
Bakterier: 
Campylobacter spp, Salmonella spp, Shigella spp/Enteroinvasiv E.coli (EIEC), Clostridium difficile, Yersinia enterocolitica, Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC), Enterotoksigene E.coli (ETEC), Enteropatogene E.coli (EPEC)
Virus: 
Norovirus GI og GII, rotavirus, adenovirus F (serotype 40/41), astrovirus og Sapovirus
Parasitter: 
Giardia lamblia, Cryptosporidium spp, Entamoeba histolytica

Ved mistanke om kolera vil dedikert vibriodyrkning bli utført. Det vurderes om fremtidig påvisning av Aeromonas og enteroaggregative E.coli (EAEC) påvisning skal inkluderes.