Nasjonalt referanselaboratorium MRSA

Avdeling for medisinsk mikrobiologi

 

Innsending av isolater og resistensdata 

Kartside: MRSA i Norden

Nyheter

Oktober 2016:
Utbrudd med MRSA og Xpert MRSA NxG PCR hurtigtest
Referanselaboratoriet for MRSA har nå testet utbruddsstammen av MRSA t127 med den nye Xpert MRSA NxG testen som omfatter flere MREJ varianter enn GeneXpert MRSA testen og GeneXpert SA Nasal Complete. Her ble aktuelle genotype positiv for både mec(A/C), og SCC-mec både fra pasientmateriale og fra oppvekstkultur. Denne testen vil sånn sett kunne fange opp aktuelle utbruddsstamme i en screening. Samme forbehold som tidligere nevnt gjelder imidlertid angående PCR hurtigtester og ekstranasal screening, pooling av prøver og ved nye nye SCCmec varianter som ikke omfattes av PCR testen som benyttes.
Vær oppmerksomme på at det ikke nødvendigvis er sammenheng mellom spatype og hurtigtest. Vi har hatt andre spa t127 stammer tidligere som har testet positivt på validering av vår MRSA SA Nasal Complete test. Det er hvilken SCCmec variant spatypen har som vil være utslagsgivende for en SCCmec-orfX basert PCR deteksjon, og en spatype kan ha ulike SCC mec varianter. Om spatype t127 som har vært testet i Førde har samme SCCmec type/subtype som stammene i Tromsø vites ikke.

September 2016: Utbrudd med MRSA og negative PCR hurtigtester
I forbindelse med utbrudd av MRSA på nyfødtavdeling i Tromsø har det blitt overført to barn derfra til andre sykehus som har blitt screenet med dyrkning og PCR. Både GeneXpert SA Nasal Complete og BD Max MRSA XT har gitt negativt PCR resultat mens dyrkning har vært positiv. For GeneXpert SA Nasal Complete er aktuelle stamme også negativ for SCCmec på oppvekstkultur, mens spa genet og mecA genet var positive.
Det er velkjent at MRSA screening basert på deteksjon av orfX-SCCmec kan gi falske negative resultat sammenliknet med dyrkning. Dette skyldes at det fins mange ulike SCCmec varianter og subtyper (1). Det er altså stor genetisk variasjon i denne regionen (også kalt MREJ eller Right Extremity Junction) som medfører fare for primer mismatcher og dårligere sensitivitet ovenfor enkelte MRSA genotyper. Testenes sensitivitet vil derfor variere avhengig av lokal epidemiologi og hvilke MREJ varianter de ulike testene omfatter. Det er også kjent at mange av disse testene kun er validert og godkjent for bruk på neseprøver, og at testenes sensitivitet ofte er dårligere enn dyrkning dersom brukt på screeningprøver tatt ekstranasalt (hals, perineum). Pooling av prøvematerialer vil også kunne senke testenes sensitivitet.

Aktuelle genotype i Tromsø er spa -t127. Dette er den 5 vanligste spatypen i Norge høsten 2016. Denne genotypen er ofte assosiert med CC1 og SCCmev IV eller V. Det er tidligere beskrevet utbrudd med spa-t127 på nyfødtavdelinger både i Danmark og England (2,3). Planlagte videre analyser på referanselaboratoriet vil avdekke hvilken sekvenstype og SCCmec type utbruddsstammen i Norge tilhører.

PCR baserte MRSA hurtigtester har en høy negativ prediktiv verdi i en lavprevalenspopulasjon. MRSA referanselaboratoriet vil imidlertid oppfordre til å være varsomme med å oppheve smitteisolering basert på et negativt MRSA hurtigtestresultat. Dette gjelder særlig i høyrisikosituasjoner der det foreligger stor risiko for spredning, som på overvåknings og intensivavdelinger samt på pasienter som overføres direkte til sykehus fra land med høy forekomst av MRSA.
Ved MRSA screening skal alltid MRSA dyrkning gjøres i tillegg til eventuelle genbaserte hurtigtester for å fange opp stammer som ikke detekteres av genbaserte tester, for resistenstesting og for genotyping. Ved behov for screening av pasienter i forbindelse med aktuelle utbrudd vil nevnte to tester ikke være pålitelige. Referanselaboratoriet for MRSA vil ila. kort tid teste ut om MRSA Xpert NG fanger opp aktuelle genotype.

Referanser:

1) Hill-Cawthorne et al. Recombinations in staphylococcal cassette chromosome mec elements compromise the molecular detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus. PLoS One. 2014;27;9(6):e101419.
2) Ramsing BGU et al. First outbreak with MRSA in a Danish neonatal intensive care unit: risk factors and control procedures. PLoS One. 2013; 25;8(6):e66904.
3) David MD et al. Community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus: nosocomial transmission in a neonatal unit. J Hosp Infect. 2006 Nov;64(3):244-50.

Desember 2015: Innsending av resistensdata
En betydelig volumøkning av innsendte MRSA stammer de siste årene gjør at MRSA referanselaboratoriet fra 2016 må prioritere sine analyser i større grad.

Vi ønsker fra 01.01.2016 å få innsendt millimetersoner for et anbefalt panel av antibiotika sammen med stammen. Genotyping vil utføres på alle stammer som tidligere, og utvalgte MRSA stammer vil fortsatt resistenstestes på nytt ved referanselaboratoriet.

Fordelen for oss blir at dette frigir kapasitet til å etablere andre nødvendige metoder (helgenomsekvensering) og metodeevalueringer. Vi ønsker samtidig å i større grad enn tidligere bruke innsendte millimetersoner til å koble ulike geno- og resistensfenotyper og synliggjøre dette i NORM rapporten.  Stammer med uvanlige resistensprofiler vil retestes, eventuelt også med genotypiske metoder.

Vi har forståelse for at dette medfører noe ekstra arbeidsbelastning for hvert enkelt laboratorium. Samtidig vil vi da få frigitt kapasitet til å bruke resistensdata raskere og bedre i epidemiologisk overvåkning, se dette i relasjon til MSIS data, og gi regelmessige rapporter nasjonalt og regionalt.

For mer informasjon les vårt nyhetsbrev nr 2 som var sendt til alle laboratorier i starten av desember.

Januar 2015: LA-MRSA i Norge
De siste årene har det vært et økende fokus på dyreassosiert MRSA internasjonalt. LA MRSA tilhører CC398 og stammer opprinnelig fra MSSA CC398 hos mennesker, og har spredt seg fra mennesker til gris. Hos gris har den ervervet resistensmekasnismer mot meticillin (mecA gen) og tetracyclin (tetM gen) I tillegg har de ofte resistens mot zink (czrZ gen) som er vanlig brukt som tilsetning i dyrefor. Les videre...

Mai 2014: Månedlig rapportering
Referanselaboratoriet har opprettet en mulighet for å kunne lese månedlig rapportering av innsendte MRSA stammer fordelt på innsenderlaboratorier og på spatyper. Resultatene vil presenteres i løpet av første uke hver nye måned. Vi er takknemlige for å få tilbakemeldinger på presentasjon av dataene, særlig dersom annen eller mer utdypende informasjon ønskes. Presentasjonsformen vil evalueres på slutten av inneværende år.

Tall som fremgår i tabell 1) kan fravike fra sluttsummer og tall i øvrige tabeller da disse ekskluderer flere stammer fra samme pasient per år.

Rapporten er et øyeblikksbilde, og tenkt som en fortløpende rapportering tilbake til laboratoriene. Det er derfor ikke ønskelig at data publiseres uten nærmere henvendelse til MRSA referanselaboratoriet, slik at bedre kvalitetssikring av data er mulig.

 

Januar 2014: Forslag til hvilke MRSA isolat som skal testes for vankomysin heteroresistens.
Referanselaboratoriet for MRSA har i samarbeid med AFA utarbeidet et dokument og flytskjema med bakgrunnsinformasjon om vankomysinresistens hos MRSA, og om når og med hvilken metode det er mest aktuelt å undersøke for vankomysin heteroresistens (hVISA) i Norge.Dokumentet er ment som et supplement til gjeldende NordicAST dokument om påvisning av glykopeptidresistens hos MRSA. Dokumnetet har vært til høring på mikoinfo, samt hos AFA og NORM.
 

Nyhetsbrev

Nyhetsbrev nr. 1 2017


Nyhetsbrev nr. 2 2016

Nyhetsbrev nr. 1 2016

Nyhetsbrev nr. 2 2015

Nyhetsbrev nr. 1 2015

Faglige innlegg

Forelesning/ undervisning

LA-MRSA- 2014

Dyreassosiert MRSA- 2013

Poster
Methicillin resistant Staphylococcus aureus carring mecC in Norway- 2014

Metoder

Spa-typing
Spa- typing er basert på analyse av deler av ett gen som ligger i x-regionen på Staphylococcus protein A genet (spa). 3’-enden av genet har en repetisjonsregion som består av et variabelt antall av vanligvis 24 bp repetisjoner med interne nukleotideforskjeller i hver repetisjon.

Denne x- regionen av spa utsettes for spontane mutasjoner, tap av repetisjoner, og opptak av repetisjoner.

Den sekvensbaserte metoden av spa-typing tildeler repetisjonen en numerisk kode som er unik for hver nukleotidekombinasjon, og spa-typen blir bestemt av rekkefølgen av spesifikke repetisjoner.

Spasekvensen blir automatisk tildelt en spa-type ved synkronisering med RIDOM StaphType database 4. Sekvensdata er levert av SeqNet.org.

Eksempel:

Spa-type t002

 

 

Figur 4. Excel analyse

Slektskapet mellom forskjellige spa-typer kan analyseres bl.a. ved hjelp av BURP analyser (Figur 3) eller regneark der man sorterer på repetisjoner (Figur 4). Spa-typer og repetisjoner kan lastes ned via nettsidene til RIDOM.

MLST – Multi Locus Sequence Typing
MLST er basert på sammenligning av DNA sekvenser fra konserverte “husholdnings” gener som er karakterisert med lavt seleksjonspress.

For S. aureus  analyseres 7 genfragmenter der hver av dem er ca 450- 500 bp. Den spesifikke DNA sekvens for hvert gen i en stamme blir gitt et allelenummer ved innsending til en universal database.

Sekvenstypen av en S. aureus stamme er basert på kombinasjonen av allelenummer på hver av de 7 genene.

Eksempel:

 

Ved hjelp av eBURSTanalyse kan forskjellige stammer bli gruppert i klonale kompleks (CC) av nært beslektede stammer som har minst fem eller seks alleler felles.

Opprinnelsen for hver CC er den genotypen med flest singel eller dobbel locus varianter (Figur 5).

MLST skiller bare de store klonale slektene og dens diskriminerende evne er ikke god nok for separasjon av stammer i en klonal gruppe når hensikten er å undersøke lokale utbrudd. Likevel er metoden nyttig i beskrivelsen av den evolusjonelle historien til MRSA, men er arbeidskrevende og kostbar.


 

Figur 5. eBURST analyse

 

Referanser

Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, Mickelsen PA, Murray BE, Persing DH, Swaminathan B. (1995) Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol Sep;33(9):2233-9.

Melles DC, van Leeuwen WB, Snijders SV, Horst-Kreft D, Peeters JK, Verbrugh HA, van Belkum A. (2007) Comparison of multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and amplified fragment length polymorphism (AFLP) for genetic typing of Staphylococcus aureus. J Microbiol Methods May;69(2):371-5. Epub 2007 Feb

Harmsen D., Claus H., Witte W., Rothgänger J., Claus H., Turnwald D., & Vogel U. (2003) Typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university hospital setting using a novel software for spa-repeat determination and database management. J. Clin. Microbiol 41:5442-8

Enright MC, Robinson DA, Randle G, Feil EJ, Grundmann H, Spratt BG. (2002) The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 7687-7692.

Generelt

Meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA) kan gi en rekke ulike infeksjoner hos mennesker og dyr, men kan ofte også forekomme som asymptomatisk bærertilstand. MRSA er gule stafylokokker som per definisjon er resistente mot betalaktamantibiotika. I tillegg kan det forkomme resistens overfor andre typer antibiotika.

MRSA utgjør et helseproblem ved at antibiotikaresistens vanskeliggjør valg av korrekt behandling. Egnet behandling har ofte en mer uheldig bivirkningsprofil på pasient og miljø enn betalaktamantibiotika. Mikroben forekommer først og fremst på sykehus eller sykehjem og kan gi utbrudd, enten ved bærerskap, infeksjoner eller ved spredning mellom personer. MRSA forekommer også utenfor helseinstitusjoner i økende grad.

Mikroben blir derfor overvåket nøye. De fleste industrialiserte land har etablert nasjonale referanselaboratorier som kartlegger forekomst og utbredelse av MRSA-stammer. De skandinaviske land og Nederland har så langt hatt lav forekomst (<1%) av meticillinresistens blant gule stafylokokker

1.januar 2006 ble nasjonalt referanselaboratorium for MRSA etablert ved Avdeling for Medisinsk Mikrobiologi, St. Olavs Hospital, Trondheim. Referanselaboratoriet ivaretar en stammebank av MRSA som ble etablert i mai 2005, og som inneholder tilnærmet alle nypåviste MRSA isolater i Norge fra og med 1. januar 2008.

Genteknologisk karakterisering av stammene gir en god epidemiologisk overvåkning og vil hjelpe med å identifisere nye stammer og utbrudd på nasjonal basis. Referanselaboratoriet har etablert en web-basert løsning som gir alle deltakende laboratorier tilgang til deler av vår database, der geografisk forekomst av ulike genotyper av MRSA kan visualiseres og der man kan følge spredning over tid.

Månedsvise rapporter

2017
September
August
Juli
Juni
Mai
April
Mars
Februar
Januar

2016
Desember
November
Oktober
September
August
Juli
Juni
Mai
April
Mars
Februar
Januar

2015
Desember
November
Oktober
September
August
Juli
Juni
Mai
April
Mars
Februar
Januar

Årsrapporter

2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006

Publikasjoner

2012

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus with the novel mecC gene variant isolated from a cat suffering from chronic conjunctivitis

Poster FHI årskonferanse 2012 - kromagar

Bioingeniøren nr: 03 2012 s.11-14

NORM/NORM - VET 2011 (s. 74-76)

Lenker

Nyttige lenker 

European Antimicrobial Resistance Surveillance System (EARSS)

MSIS

Ridom Bioinformatics

Multi Locus Sequence Typing home page (MLST)

MLST maps

SeqNet

Andre referanselaboratorier

Statens Serum Instiutt

Smittskyddsinstitutet
 

Kontakt

Prøvesvar og laboratoriet:
725 73283

Hege Enger Overlege
Hege.Enger@stolav.no
728 28923

Kjersti Wik Larssen Overlege
Kjersti.Wik.Larssen@stolav.no
725 73083 
 
Ailin Falkmo Hansen Fagansvarlig bioingeniør
Ailin.Falkmo.Hansen@stolav.no
728 21489
 
Frode Width Gran IKT-koordinator
Frode.Gran@stolav.no
725 73030