Avdeling for medisinsk mikrobiologi
Nasjonalt referanselaboratorium MRSA
Rekvisisjon til innsending av isolater og resistensdata
For å kunne prioritere riktig, er vi avhengig av at informasjonen dere får fra rekvirent når fram til oss. Det er mulig å fylle ut opplysningene i rekvisisjonen (se lenke over) og vi ønsker også å få tilsendt kopi av primærrekvisisjonen.
Vi ønsker full oversikt over resistens, og derfor at laboratoriene sender inn resistensresultatet. Vi konfirmerer MRSA/S.aureus og bestemmer PVL, samt at alle stammer lagres i vår stammebank. For mere informasjon, se prioriteringsliste for genotyping og Next-Generation Sequencing (NGS) i rullegardin under.
Kriterier for å sende inn prøver til MRSA referanselaboratorium
- Alle nye påviste MRSA, både bærerskap og infeksjon
- Alle invasive MRSA (uavhengig av om det nylig er sendt inn bærerskapsstamme)
- MRSA påvist > 12 måneder siden siste innsendelse
- MRSA med endret resistensmønster enn tidligere innsendt stamme
- Cefoxitinresistent og mecA-positive S.lugdunensis
- Cefoxitinresistent og mecA-positive S.argenteus
- Alle linezolidresistente stafylokokker
- Etter nærmere avtale med reflab kan S.aureus-stammer med spesielt resistensmønster undersøkes nærmere
10.01.2022: Endret praksis for spa-typing av prøver til MRSA referanselab
Vi har siden 2018 utført genotyping (spa-typing) på utvalgte prioriterte stammer, såkalt selektiv genotyping. De siste årene har antall mottatte prøver gått ned, og vi har nå kapasitet til å spa-type alle prøver igjen. Vi ønsker fremdeles å få kliniske opplysninger, forå kunne ha oversikt over årsaker til innsendelse/spa-typing, og ver derfor om at all informasjon fra primærrekvisisjonen fortsatt blir overført til kommentarfeltet på vår rekvisisjon, alternativt at kopi av primærrekvisisjon legges ved. Vi ønsker at det påføres om prøven er fra allmennpraksis, sykehjem eller sykehus.
Spa-typing
Spa- typing er basert på analyse av deler av ett gen som ligger i x-regionen på Staphylococcus protein A genet (spa). 3’-enden av genet har en repetisjonsregion som består av et variabelt antall av vanligvis 24 bp repetisjoner med interne nukleotideforskjeller i hver repetisjon.
Denne x- regionen av spa utsettes for spontane mutasjoner, tap av repetisjoner, og opptak av repetisjoner.
Den sekvensbaserte metoden av spa-typing tildeler repetisjonen en numerisk kode som er unik for hver nukleotidekombinasjon, og spa-typen blir bestemt av rekkefølgen av spesifikke repetisjoner.
Spasekvensen blir automatisk tildelt en spa-type ved synkronisering med RIDOM StaphType database 4. Sekvensdata er levert av SeqNet.org.
Eksempel:
Spa-type t002
Figur 4. Excel analyse
Slektskapet mellom forskjellige spa-typer kan analyseres bl.a. ved hjelp av BURP analyser (Figur 3) eller regneark der man sorterer på repetisjoner (Figur 4). Spa-typer og repetisjoner kan lastes ned via nettsidene til RIDOM.
MLST – Multi Locus Sequence Typing
MLST er basert på sammenligning av DNA sekvenser fra konserverte “husholdnings” gener som er karakterisert med lavt seleksjonspress.
For S. aureus analyseres 7 genfragmenter der hver av dem er ca 450- 500 bp. Den spesifikke DNA sekvens for hvert gen i en stamme blir gitt et allelenummer ved innsending til en universal database.
Sekvenstypen av en S. aureus stamme er basert på kombinasjonen av allelenummer på hver av de 7 genene.
Eksempel:
Ved hjelp av eBURSTanalyse kan forskjellige stammer bli gruppert i klonale kompleks (CC) av nært beslektede stammer som har minst fem eller seks alleler felles.
Opprinnelsen for hver CC er den genotypen med flest singel eller dobbel locus varianter (Figur 5).
MLST skiller bare de store klonale slektene og dens diskriminerende evne er ikke god nok for separasjon av stammer i en klonal gruppe når hensikten er å undersøke lokale utbrudd. Likevel er metoden nyttig i beskrivelsen av den evolusjonelle historien til MRSA, men er arbeidskrevende og kostbar.
Figur 5. eBURST analyse
Referanser
Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, Mickelsen PA, Murray BE, Persing DH, Swaminathan B. (1995) Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol Sep;33(9):2233-9.
Harmsen D., Claus H., Witte W., Rothgänger J., Claus H., Turnwald D., & Vogel U. (2003) Typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university hospital setting using a novel software for spa-repeat determination and database management. J. Clin. Microbiol 41:5442-8
Enright MC, Robinson DA, Randle G, Feil EJ, Grundmann H, Spratt BG. (2002) The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 7687-7692.