Generelle komplikasjoner i forbindelse med narkose og operasjon slik som infeksjon, blødning, luftveisproblemer kan oppstå, men er relativt sjeldent.
Tidlige komplikasjoner: Lekkasje i tarmskjøt (svært sjelden).
Sene komplikasjoner: Ikke fungerende porto-enterostomi (tilstrekkelig mengde galle kommer ikke ut fra leveren og til tarmen) og økende leversvikt. Da vil barnet trenge levertransplantasjon.
Barnet skal følges tett opp av barnelege ved lokal barneavdeling i samarbeid med barneavdelingen på Oslo universitetssykehus.