Et forløp i BUP starter vanligvis med en utredning. Den gjøres som oftest ferdig etter seks uker fra oppstart, eller senest innen tolv uker fra oppstart. Utredningen består av ulike kartlegginger med barnet eller ungdommen og foreldre eller foresatte. Kartlegging gjøres som regel med samtaler, intervju, observasjon eller spørreskjema.  Det er viktig at opplysninger om tidlig utvikling, oppvekst og familieliv kommer fram, i tillegg til beskrivelser av hvordan barnet eller ungdommen har det i barnehage eller skole.

Noen ganger gjennomføres testing for å finne ut om barnet har problemer med for eksempel innlæring, konsentrasjon, motorikk, språk eller hukommelse. Dette vurderes i hvert enkelt tilfelle, og familien får presentert en plan for hvordan det blir gjennomført.

Det er viktig å være oppmerksom på at mange barn med atferdsforstyrrelser samtidig har lærevansker, ADHD, autisme eller andre utviklingsforstyrrelser. Det er også viktig å være oppmerksom på om barnet har hatt traumatiske opplevelser. Eksempler på slike opplevelser kan være å ha opplevd eller vært vitne til vold, ha opplevd en ulykke eller mistet en nær person brått og uventet.  

Ved utredning av atferdsforstyrrelser vil behandler på BUP sammen med familien forsøke å konkretisere den problematiske atferden. Det er viktig å avklare hva som skjer (selve problematferden), hva som leder til atferden (mulige triggere), hvilke konsekvenser atferden har (både positive og negative), og hva som gjør at den problematiske atferden fortsetter. 

Noen ganger vil det være en glidende overgang mellom utredning og behandling. For eksempel vil behandler ofte være opptatt av å kartlegge positive sider og styrker hos barnet eller ungdommen og familien eller nettverket. Dette er både en del av utredning og en viktig del av behandlingsplanleggingen.

Behandlingen vil planlegges i samråd med familien. Ved atferdsforstyrrelser hos barn er behandlingen som regel foreldreveiledning. Hvor ofte og lenge veiledningen pågår varierer avhengig av alvorlighetsgraden. Noen ganger tilbyr man foreldrene å delta på veiledningskurs i grupper, mens det andre ganger er mer hensiktsmessig å gi foreldrene individuell veiledning. 

Andre aktuelle tilbud kan være grupper med flere barn, hvor man fokuserer på sosial trening og følelsesmessig regulering, samtaleterapi, samarbeid med barnehagen eller skolen, og nettverksarbeid med andre viktige personer i barnets eller ungdommens liv.  

Målsetningen med å gjennomføre tiltak som regulerer atferden vil ofte være å øke mestring, gjenopprette en positiv relasjon mellom de voksne og barnet, redusere problematferd, og styrke barnets selvfølelse og forståelse for sosiale situasjoner. 

Etter avslutning hos BUP vil familien ofte holde kontakten med samarbeidende instanser på kommunalt nivå som barnehage eller skole, helsestasjon, fastlege, PPT, kommunepsykolog, barne- og familietjeneste, barnevern eller andre. Der det er sammensatte vansker vil ofte en ansvarsgruppe bli etablert.